房颤最主要危害是血栓形成和栓塞。为了降低房颤栓塞发生率需服用抗凝药物，这是房颤治疗非常重要的部分。
临床上，医生会根据患者栓塞发生的风险进行评分，高危患者服用华法林，低危患者可以口服阿司匹林或暂不服药。这些危险因素包括：既往栓塞病史、短暂脑缺血发作、年龄≥75岁；心力衰竭或中重度心脏收缩功能不全（左室射血分数≤40%）、高血压、糖尿病、女性、年龄65-74岁、血管疾病等。危险因素越多，风险越大。另外，同时还需评价患者出血的风险，若患者出血风险过大也不能服用华法林。
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